1983 йылдаБашҡорт дәүләт университетын һуң Химия институтында эшләй башлай. 1991—1998 йылдарҙа — Башҡорт дәүләт медицина университетының ғилми тикшеренеү үҙәге директоры, бер үк ваҡытта 1993—1998 йылдарҙа — лаборатория мөдире, 1995 йылдан алып Нефтехимия һәм катализ институтының лаборатория мөдире, бер үк ваҡытта 1998—2000 йылдарҙа — Башҡорт дәүләт аграр университетының дөйөм биология, 2000 йылдан алып Көнсығыш иҡтисади-юридик гуманитар академияһының дөйөм психология кафедраһы мөдире, 2010 йылдан — уҡытыусы[1]. 2013 йылдан — БДУ-ның биология факультеты деканы[2].
С. А. Башкатовтың фәнни эшмәкәрлеге кеше организмы адаптацияһы механизмдарында күҙәнәктәр араһындағы матрикс гетерополисахаридтарының ролен өйрәнеүгә, плацентар гликозаминогликандар нигеҙендә дарыу препараттары уйлап табыуға арналған.
140-тан ашыу фәнни хеҙмәт һәм 15 уйлап табыу авторы.
Төп ғилми хеҙмәте: Гликозаминогликаны в биохимических механизмах адаптации организма к некоторым физиологическим и патологическим состояниям. М., 2004 (авторҙаш)[1].